莫拉克台风不仅造成南台湾数十人死亡和失踪，更重创农林渔牧业。根据台湾“农委会”粗估，包括蛋鸡、白肉鸡和土鸡的损失，都创下新高。由于猪只死亡头数估计高达1至2万头，蔬果鱼肉供需恐失衡，未来不管是菜价、猪、鸡肉、蛋类、鱼货等价格，未来势必上涨。

    据中评社报道，蔬菜主要产地云林县大西螺地区，昨天一口气下了200多毫米雨量，8成以上的露天菜园泡在水中，网室菜园损失也超过4成，由于收成量少加上品质差，台北今天的传统市场，许多菜贩出售的青菜，数量连以往的五分之一都不到，价格也贵了好几成。

    “农委会”统计，全台受损金额超过新台币20多亿元，其中农作物受害面积达2万多公顷，预估叶菜类蔬菜价格会短期飙涨。“农委会”估计，这次农作物损失至少13亿7千7百万元，损害程度为2成5，以香蕉倒伏最严重。农产地以高雄、花莲、台东、屏东县受损最重。

    渔损部分，“渔业署”表示，莫拉克大雨造成沿海大量鱼塭流失，估计损失新台币2亿6千7百万元，短期内鱼货供销恐受影响。其中屏东养殖渔业受创最严重，损失鱼种多为石斑、白虾、泰国虾等。

    畜牧业损失部分，“农委会”统计，达3亿4千3百万元，蛋鸡、白肉鸡、土鸡的损失都创新高，至少死掉两百多万只；业界预期猪只死亡头数也高达一两万头，供需恐失衡，肉品、蛋品未来势必涨价。